馬祖連江航業有限公司於民國85年6月4日經濟部立案。 7月，公共車船管理處改制馬祖連江航業有限公司，接辦離島海上船舶業務。是年，新建199噸連江一號客貨船，行駛東引、莒光與南竿之間，載客量約170人，但因船隻設計不良，不僅航行時震動過劇，顛簸不已，油耗更是驚人，行駛一年多後即暫時擱置。目前營業項目有船舶運送、船舶代理、小船經營等3項。連江縣政府持股99.6%，本縣4鄉公所各持股0.1%，由縣府監督，附屬於連江縣公共車船管理處。