1949年中華民國播遷來台，1950年韓戰爆發，美國深感中共將是自由世界最大的威脅，當時政府也亟需美援，雙方因此合作展開情資工程，1951年美國軍事援助技術團進駐台灣。1953年後進入冷戰時期，美軍先後成立了黑蝙蝠中隊及黑貓中隊等，進行中共情報蒐集及秘密行動。當時駐防於新竹的黑蝙蝠中隊是成立最早、犧牲最慘烈的空軍單位。由於是秘密行動，隊員就算為國犧牲，國家也無法給予褒獎，家人也不清楚緣由，為了向當年犧牲的隊員致上最高敬意，於是有了籌建本館的計畫。為充實陳列館館藏內容，於98年召開黑蝙蝠文物徵集採訪會。本館外型參考已拆除之美軍顧問宿舍形貌外觀建造，共有六個展區，本館於98年11月開幕，規劃了多項推廣活動，藉以彰顯黑蝙蝠中隊在台灣歷史的重要角色。