明治時期竹塹地區基督教發展可以1900年分為兩個階段，初期受到政權轉移影響，各處教會多受迫害，一直到1900年左右恢復舊觀。竹塹地區教會在城內(新竹)教會設立長老、執事組識，興建新的中巷禮拜堂，成立城外(客雅庄)禮拜堂。 後期隨著馬偕牧師逝世，北部長老教會進入「自治、自養、自傳」發展階段，在自治方面，城內(新竹)教會為北部長老教會第四所獨立聘請牧師的自治教會；在自傳方面，當時竹塹各地教會人數增減不一，整體人數較《淡新檔案》記載清代統計數目，增加近200人左右，信徒們表現多獲社會及官方肯定。不過教會卻隱藏向外開拓停頓的危機，1906年中會創立傳道更任部，1907年又在其下設台北、宜蘭、新竹三個傳道會，積極佈教，竹塹地區開拓教會表現不俗，同年先後在苗栗三叉河、南湖、三湖等三處地方建立教會，1908年成立苗栗南庄講義所，次年升格為禮拜堂，同時在北部長老教會宣教範圍最南端大甲設立教會，為日後教勢發展奠定良好基礎。