1950年代金門古寧頭砲戰後，臺海兩岸情勢緊張，為使金門、馬祖兩地成為支援野地作戰的據點，國防部參考美軍在二次世界大戰中在戰地設置軍政府的經驗，研擬「金門、馬祖地區實施戰地政務辦法」草案。行政院於1956年6月核定並將該辦法名稱修改為「金門、馬祖地區戰地政務實驗辦法」，7月馬祖地區成立馬祖戰地政務委員會，將過去羅源、長樂、連江三縣合併為連江縣，實施戰地政務實驗。

據《馬祖防衛三十年史》紀載，戰地政務委員會主任委員會是由指揮部司令官兼任，秘書長為政戰部主任，兼任委員則由副司令官、參謀長、縣長兼任。戰地政務委員會與馬祖防衛司令部同隸屬於國防部，其中戰地政務委員會轄下有物資供應處、馬祖酒廠、馬祖高級中學、馬祖日報社、馬祖電力公司、馬祖公車處，以及連江縣政府。而連江縣政府設有祕書、主計、人事、軍法四室，還有民政、財糧、文教、建設四科，分別管轄自衛總隊、警察局、鄉公所、稅捐所、衛生院、社教館、安老院、育幼院、農業改良場、國民中小學等單位。縣長則由國防部指派馬祖戰地政務委員會兼任。

1969年馬祖戰地委員會實施組織精簡案，僅負決策與監察，原先轄下業務則授權給連江縣政府，由其代管及指導會屬單位（物資供應處、馬祖酒廠、馬祖高級中學、馬祖日報社、馬祖電力公司、馬祖公車處）。

馬祖地區實施戰地政務期間，民眾生活多有不便，如物資控管、出入境管制、夜間燈火管制、金融管制等，還要接受民防教育訓練。據《連江縣志》整理，金、馬戰地實驗區直到1992年8月《金門馬祖東沙南沙地區安全及輔導條例》公布，11月7日才正式終止。