北竿鄉成立於1957年（民國46年），屬連江縣衛生院管轄，免費為病患施診。各村設保健員，指導家戶清潔，執行婦嬰保健及救護、接生等工作。由於早年縣府醫療經費與醫事人員均甚欠缺，北竿鄉衛生所草創之初，先籌設「司藥」與「保健員」一名。因北竿並無專屬醫師，為整合醫療資源，北竿衛生所設於北高醫院內，由北高醫院撥用一間作為民眾專用掛號室，護士處理民眾掛號，並幫民眾打預防針，早年醫師與年老民眾語言不通，護士常需扮演溝通的橋樑。 1990年行政院衛生署補助新臺幣二百萬元興建北竿鄉衛生所大樓，於1991年竣工啟用；1999年3月北竿衛生所遠距會診硬體建置完成，可與三軍總醫院、縣立醫院，透過連線進行「遠距醫療」，北竿鄉醫療水準跨出一大步；2003年4 月，北竿鄉衛生所擴建，完成後北竿鄉衛生所開闢第二診療間，增加病房、牙科室、X 光室等，大幅提升醫療服務品質；2006年底北竿鄉衛生所遠距會診又再擴增其他醫院，可與臺北市立聯合醫院、縣立醫院透過連線進行遠距醫療。