1949年（民國38年）國軍進駐馬祖前，連江縣並無醫療院所，國軍進駐後，軍方衛生排（連）借住南竿鄉復興村民房，為軍民看診。1956年1月成立「馬祖衛生院」，同年7月實施戰地政務後，更名為「連江縣衛生院」，以當時連江縣府所在地南竿鄉復興村為院址，開辦公共衛生及醫療保健業務。 1957年衛生院於南竿、北竿、莒光、東引各鄉設置衛生所，各村置保健員，皆免費為民服務，1960年農復會補助經費增建衛生院地下病房大樓一棟，1961年連江縣衛生院興建鋁皮病房、地下病房、門診部及辦公室各一棟，可容納住院傷患30 人。1964年再補助擴建病房門診大樓一棟。1965年縣府自籌經費擴建門診大樓一棟。早期工作項目主要為接踵傳染疾病疫苗、推行家庭節育計畫，整治環境消毒推廣、保送績優畢業生往台就讀醫學相關科系等醫療衛生之推廣業務。 1978年奉國防部核定，設立衛生院附設醫院，開始進行收費醫療作業，並於1988年10月將院址遷往現址（原陸軍醫院舊址），並擴大衛生院編制，裁撤南竿鄉衛生所。1993年改制為連江縣衛生局，掌管衛生環保業務，2003年衛生、環保業務分制，目前已改制為連江縣衛生福利局。