基督教在馬祖發軔於鐵板朱家，朱家來自琅岐島，後來，撤退到台灣的衛理公會由於福州曾是該會大本營並決定在馬祖設立教堂，接收既有信眾。原本不同宗派仍留在各自聚會所，隨著1970年代信眾達到高峰後，從前清水教會兼具醫務功能，以前牧師辦公室對面就是教會醫護室，透過台灣與美國教會支援，外傷藥品資源較多；與馬港的天主教海星診所主要是護理、照護的功能不同。教會旁邊的聯合辦公大樓，以前就是馬祖廣播電台，負責對大陸播送，還曾協助教會拍攝紀錄片。軍醫院成立後，清水教會醫務移轉，以宣教為主。今教會建築是1968年由國軍協助構工建造落成的海砂屋，屬於第一座軍隊蓋的民間建築，預計2019年拆除重建。