1992年11月7日，戰地政務終止，1993年7月1日連江縣衛生院改制為連江縣衛生局，衛生院附屬醫院改制為連江縣立醫院，隸屬連江縣衛生局，仍負責全縣醫療服務及衛生保健工作，是全縣除國軍醫院之外唯一醫療院所。1999年開始實施軍醫支援縣立醫院計畫，各鄉均有軍醫提供門診、駐診及專科門診服務，另實施教學醫院支援縣立醫院計畫、直升機緊急後送計畫及轉診就醫交通補助計畫。2000年行政院衛生署及縣政府支持下，完成空中緊急後送機制，德安航空直昇機進駐本縣，負責緊急醫療後送、安寧返鄉及離島交通運輸等任務。 為因應國軍馬祖醫院裁撤，提升本縣醫療環境服務品質及符合本縣未來醫療發展之需求，規劃病床80床、新建醫療大樓特別規劃洗腎室、加護病房，並有128切電腦斷層掃描儀及各種先進醫療與病房設施。