馬祖日報的前身為登步報，為紀念國軍於登步島的勝利而誕生，屬軍中報紙。後隨部隊進駐馬祖，於1955年（民國44年）更名為馬祖日報。因船期的關係，由台灣本島寄出的報紙到了馬祖島嶼上，均為已過往的消息，因此早期的報紙，由軍聞電台抄收中央社的新聞簡訊，再由譯電員譯，每日以油印八開一張。 1957年8月26日結束八開小報的形式，由國防部總政治部與軍友總社撥專款籌備半年成立馬祖日報社，日報改為排版印刷機的鉛印報紙，共4版，於1957年9月3日軍人節時正式改版創刊發行，共有四版，首版為中央新聞，第二版為地方新聞，第三版為軍中人員的藝文園地。馬祖日報早期隸屬於馬祖指揮部，在新聞的宣傳上多為軍方觀點，以軍政宣導為重，反而居民觀點較少呈現，僅散布於零星的文字記述中，馬祖日報於1964年7月1日改隸屬馬祖政務委員會，1982年改版，將軍版與地方版分離，民間新聞獨立專版。最終於1992年戰地政務解除後，馬祖日報歸於連江縣政府營運，才成為一地方性報紙。