「馬祖戰地政務委員會馬祖初級中學」創立於1957年，設於馬祖南竿鄉介壽村中隴山坡上，現為連江縣立介壽國民中小學校址，當時每年僅招收一班學生，全校約有140至160人左右，男女同校，享有清寒獎學金，學生來自南北竿、東西犬、東引等島，以及少數教師及軍籍子弟，師生同住宿，採軍事式管理，1968年改制馬祖高級中學附設國中部，馬祖初級中學這個名字也正式走入歷史，成為馬祖教育史上「消失的學校」之一。1976年，國中部脫離馬祖高中並於原址成立連江縣立介壽國民中小學。自此，國高中就此分布，高中部後升格改制為「福建省立馬祖高級中學」，1984年改隸教育部並改為現名「國立馬祖高級中學」。