仁愛國民小學創立於1951年，定名為南竿區仁愛國民學校，1953年改制為馬祖國校第二分班，1956年5月，津沙分班升格為國校，梅石分校易名成功分班、與仁愛分班同隸屬津沙國校。1958年7月升格為仁愛國校，下轄津沙、成功兩分校。1962年12月遷至仁愛村現址，興建二層樓鋼筋水泥，初具規模。1968年8月更名為仁愛國民小學，下轄之分校於1982年津沙國校廢除及1976年成功分校廢除。至此校制再無變更，仁愛國民小學座落於仁愛村中央，緊鄰北海坑道及鐵堡等景點，位於仁愛村95號。