前身為馬祖國民學校，建設之初為紀念黃花崗連江籍陳清疇烈士，更名為「連江縣立清疇國民小學」，1970年為貫徹先總統蔣公推行九年國民教育，擇清疇國小左側闢建校舍，增設中正國民中學，並將原就讀馬祖中學之西區六村國中學生，劃歸中正國中就讀，派任陳明月為首任校長。1971年清疇國小校長曾淼祥調台，縣府鑑於國中小毗鄰，乃令中正國中校長兼清疇國小校長。1974年1月奉令「中正國中」與「清疇國小」合併為「連江縣立中正國民中小學」，實施九年一貫教育，至此校制再無變更。自此清疇國小也正式走入歷史，成為馬祖教育史上「消失的學校」之一。歷任校長有曾淼祥、朱風。