中正國民中小學前身為「馬祖國民學校」，成立於1950年，首任校長朱錦華，創校時設六班，校舍借用民房，翌年始徵地建校(連江縣立文化中心館址)，另設四維分班（主任譚劍萍）、津沙分班（主任劉瑞文）、仁愛分班（主任鄒榮光），1959年再增建教室。1966年推行小學強迫入學政令，學生人數急速成長，原有校舍設備不敷使用，連江縣長陳正福策劃，闢國小部現址增建校舍，翌年落成，為紀念黃花崗連江籍陳清疇烈士，更名為「連江縣立清疇國民小學」。1970年為貫徹先總統蔣公推行九年國民教育，擇清疇國小左側闢建校舍，增設中正國民中學於馬港，將原就讀馬中之西區六村國中學生，劃歸中正國中就讀，首派陳明月先生為校長。1971年清疇國小曾淼祥校長調台，由於國中小毗鄰，遂由中正國中校長兼清疇國小校長。1974年1月奉令「中正國中」與「清疇國小」合併為「連江縣立中正國民中小學」，實施九年一貫教育，至此校制再無變更。連江縣立中正國民中小學位處雲台山西南側向陽坡，面對連江縣社會教育館，地址為南竿鄉馬祖村4號。