1968年，政府實施九年國民教育，始設中山國民中學於北竿鄉坂里村（今國立海洋大學馬祖校區現址），1974年奉令將「興詩國小」併入，命名為「中山國民中小學」，開始實施九年國民教育。1976年2月，國中部遷至芹壁村現址，原國小部於坂里村獨立設校，並將位於橋仔村之禎祥國小改屬歸併為國小部，最終於1985年撤銷國小部獨立設置國中，正名為「中山國民中學」。 「中山國中校歌」由第二任校長李珍（任期自1969年2月1日至1976年1月31日）作詞，張效良作曲。歌詞：「巍巍北竿，矗立於太平洋，南屏台澎，北控閩江。九年義教初草創，中山發其祥。文化需復興，道德要發揚，學術應努力，興亡我擔當！民族民權民生，服膺莫徬徨，倫理民主科學，實踐莫怠荒。國家培植，父母鞠育，良師訓誨，豈可忘！」