東引清水澳營區位於連江縣東引鄉西引島后澳山下的清水澳，現已撤軍。營區為整座鱷魚岬交通要衝，過去在此設有管制哨，越過清水澳營區，可抵達靶場、100高地、33據點等其他軍事營區。

1997年開始，政府陸續實行精實案、精進案等軍隊簡編政策，外島兵力亦逐步調降，馬祖北竿、高登、南竿、莒光等約莫兩千人，東引地區則另有兩千兵力，以志願役官兵為防衛主力。許多陣地、據點還地於民或者撥交國有財產局，呈現平封戰啟的半廢棄狀態。