南竿馬祖故事館設立於連江縣南竿鄉仁愛村馬祖日報社，社址前身為連江縣政府，縣政府遷往介壽村後報社遷入。

《馬祖日報》創立於1955年，前身為紀念登步島大捷而誕生的《登步報》，屬於軍中發行刊物，每旬出刊一張，編制在陸軍馬祖守備區指揮部下。起初社內員工均為軍中官兵調用，1964年改隸於馬祖戰地政務委員會後，改由委員會秘書長（即陸軍馬祖防衛司令部政戰主任）任發行人，社長由軍職派任。1982年《馬祖日報》軍版、地方版分離，民間新聞開闢獨立專版，成為新聞版面主角。

1995年馬祖日報社成立馬祖故事館，設立報史館定位，收錄馬祖戰地政務時期唯一媒體的相關文獻檔案。