原名為「海軍馬尾巡防處」,民國37年5月1日成立於福州馬尾,隸屬「第三軍區司令部」,民國38年8月16日馬尾淪陷遷駐平潭,同年9月移駐馬祖,於94年9月29日因「海軍『精進案』編制修訂案」改隸「海軍艦隊指揮部」。
1978年11月至1979年12月擔任副指揮官的潘大山先生回憶,馬祖和本島之間的來往運輸、官兵休假都靠LST中字號運輸,以搶灘的方式進行,在馬祖港運補當時戰地物資需求,所有水泥建材、蔬菜大米都靠軍方支援運補,甚麼都運。
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