原名為「海軍馬尾巡防處」，民國37年5月1日成立於福州馬尾，隸屬「第三軍區司令部」，民國38年8月16日馬尾淪陷遷駐平潭，同年9月移駐馬祖，於94年9月29日因「海軍『精進案』編制修訂案」改隸「海軍艦隊指揮部」。

1978年11月至1979年12月擔任副指揮官的潘大山先生回憶，馬祖和本島之間的來往運輸、官兵休假都靠LST中字號運輸，以搶灘的方式進行，在馬祖港運補當時戰地物資需求，所有水泥建材、蔬菜大米都靠軍方支援運補，甚麼都運。