南竿39據點位於連江縣南竿鄉清水村梅石澳口西面，鎮守南竿南方海域。2007年由中國科技大學主持之《96年度連江縣文化景觀普査計畫》調查時，保存相當良好，有定期清掃維護，但已廢棄無法進入，只能大略判斷其範圍。

1997年開始，政府陸續實行精實案、精進案等軍隊簡編政策，外島兵力亦逐步調降，馬祖北竿、高登、南竿、莒光等約莫兩千人，東引地區則另有兩千兵力，以志願役官兵為防衛主力。許多陣地、據點還地於民或者撥交國有財產局，呈現平封戰啟的半廢棄狀態。

39據點屬於第一線戰鬥陣地。國軍在各主要島嶼上，依花崗岩地質地形以及戰略需求，加上軌條砦、鐵絲網、玻璃刀山、瓊麻、人造林等反登陸裝置，形成各自獨立的防禦單元，抵禦各方衝突、監控海域動靜。據點是兩岸對峙情勢下制空制海的第一線，其與環境緊密鑲嵌的軍事構建，展現人與自然環境的高度互動。