杜博士自大正十年（一九二一）歸台，任教台北醫專，即致力於鴉片中生物鹼的藥理研究，昭和四年（一九二九）先於萬華，施乾所主持愛愛寮（專門收容乞丐的處所）成立醫務室，開始實驗去除鴉片癮的新療法，接著向台灣總督府提出「鴉片癮矯正治療醫院設置建議書」，當時因國際聯盟第三十四回理事會決議要派員調查遠東的鴉片抽吸情形，因此日本統治當局立即同意於昭和五年（一九三０）一月十五日成立「台北更生院」，專門治療鴉片癮者，由杜聰明實際負責營運及管理，他並發明了一種微量嗎啡成份的定性定量檢查法，只要檢查癮者尿液，即可知道癮者有無偷吃鴉片或施打嗎啡，此發明是醫界的創舉，後來為世界各國普遍採用。更生院前後維持了十七年，共矯治一萬一千四百九十八名患者，至民國三十五年（一九四六）完成全部癮者的治療工作。