碧雲寺位於台南縣白河鎮關仔嶺的半山腰，背倚秀麗的枕頭山，臨高遠眺，群巒迭伏，一片蒼翠，廣闊的嘉南平原隱約在望，白河水庫，盡收眼簾。沿途峰迴路轉，亦如古詩所云：「山窮水盡疑無路，柳暗花明又一村。」話說清乾隆五十七年(西元一七九二年)，有位姓李名應祥的文士，恭請一尊觀音菩薩聖像，隻身渡海來台，初居阿公店(今岡山鎮)，三月後再上錫火山大仙岩。嘉慶元年(西元一七九六年)，為尋晚年隱修之所，乃雲遊探勝，攀山涉水，擇一靈穴。因應祥師通澈孔孟之源，善於勘輿，終於在枕頭山南腰發現「半壁吊燈火」之靈穴(另傳此為麒麟穴)，乃斬荊披棘，結茅構宇，並迎原供於大仙槷的觀音聖像座鎮隱修，即為今日「碧雲寺」開山之紀元。寺前為一三開間山門，雖然是鋼筋混凝土構造，龍柱、壁堵及斗拱皆為洗石子堆塑，手法細膩，造形優美，屋頂為斷簷升箭式，形式特殊。門前一對堆塑日式獅子，造形詼諧。廟身為拜殿及正殿相連，前者作三川脊，後者為一條龍，燕尾起峭頗大，曲度優美。拜亭為二通四瓜捲棚式構架，正殿則是三通五瓜形式，木構造的比例嚴謹，造形古樸，充分配襯出古剎的風範。（資料來源：台南縣政府網站）康熙40年(1701年)，有一福建省龍岩縣僧人－參徹禪師，身佩佛像，渡海來臺，雲遊四方。後來偶經今臺南縣六甲鄉赤山村龍湖巖，在附近石几休憩，等到欲起身離去時，居然搬不動暫時奉置一旁的佛像，心知此地與佛有緣，於是決定就此駐錫，自闢荒野，親結草蘆，並由龍湖巖迎乙尊觀音佛像來此奉祀，時康熙58年(1719年)。嗣後信徒日眾，遂於乾隆12年(1747年)募金建寺，號曰大仙寺。另一方面，乾隆末年，有李應祥者，篤信釋教，持齋禮佛，自福建來臺，前來大仙寺聆益修行，並在玉枕山南腰，擇一福地，奉觀音，潛修行，勤課讀，授學識。不久有林啟邦等八人，亦在其旁，搭一草寮，研讀闈墨，時相請益。嘉慶11年(1806年)，傳說眾人赴福州科考，結果悉數中榜。感念之餘，乃合資購買今九股學田地，捐為寺產，並興築廟宇，取名「碧雲寺」，一則紀述此地滿山蒼翠，似帶穿雲；一則祈佑仕子青雲直上，登步碧霄，時嘉慶13年(1808年)。為有別原有大仙寺，大仙寺俗稱「舊岩」，碧雲寺稱「新岩」。李應祥無意仕途，再返臺灣，受戒釋門，後繼大仙寺第三代住持，碧雲寺首代住持，兩寺並管，一時禪林稱勝。及嘉慶16年，張士輝夥同蘇光賜、蘇廷觀等人，考慮寺無緣田，難為供養，遂倡首捐輸，購買三處田園，以其租息，作為香火之資，並勒石為記。道光12年(1832年)張丙之役，碧雲寺慘遭焚燬，神像一度避難番社(今東山鄉)，於理事後應有重建之舉，惜史文缺載。嗣後直至乙未割臺，有關碧雲寺是否有所修繕增建？抑或有否捐金置產？史文有缺，無法論述。不過，碧雲寺成一名勝，時人雅士，留下頗多詩篇，膾炙人口。乙未之役，時當地居民，義不帝日，有林添丁、黃玉麟等人，號召同志，據碧雲寺抗日，惜寡不敵眾，不僅戰敗四散，寺宇也被焚毀而荒蕪，明治37年(1904年)與明治39年兩次大地震，寺廟又遭浩劫，大半倒塌殘破。適大仙寺與碧雲寺頻生廟產之爭，糾紛不停，遂由白河庄長林占春出面調解，昭和6年(1931年)分寺拆產，各自獨立，另由番社庄長(今東山鄉)陳按察等人管理。昭和9年開始鳩金改建，歷時兩載，於11年告成。光復之初，略有修建，今廟中存有不少民國34年(1945年)匾聯，可為見證。39年眾信捐資，增建寺左的清虛宮(天公廟)，43年完成，先總統蔣中正先生親臨獻香，賜匾「凌霄寶殿」。55年興建地藏王寶殿，翌年竣工。59年又在大殿後興建仿古式三寶殿。67年主殿地坪重舖大理石迄今。（資料來源：內政部台閩地區古蹟資訊網）