台北戲院。日本一艘漁船在太平洋某原子實驗區英芳島附近遇到颱風而全船沉沒，部分船員在英芳島得該地住民的協助，而回到日本這一個新聞驚動了全世界的人，都認為英芳島是無人島，因此日本和有關國際人士共同組織了調查團，到英芳島實地調查，其中有原田博士和語言學者中條，以及想獲得頭條新聞而冒充船員的記者福田，有投機份子尼爾遊等數人也隨同到了英芳島，發現在該地過著平靜生活的原住民，和伴神守護摩斯拉的一對三寸美人，該地住民喝原生植物的藥汁，避免輻射能之害而自力，將該島造成和平的樂園，調查團為了保守該島的和平，決定不發表調查報告，記者福為此大受編輯長的一頓斥責，卻受到攝影記者花村的安慰，尼爾遜原是唯利是圖的惡性份子，他帶部下再到英芳島掠奪那對小美人到東京在舞台公開演出，因小美人的號召，戲院門口每天人山人海，尼爾遊也藉此大賺其錢，小美人在舞台上唱著悲傷的歌叫喊魔斯拉，這旋律越過數千海哩，以靈性感應傳到魔斯拉，跟著轟然一聲，魔斯拉的蛋裂開了，出現巨大幼蟲，正為此傳說魔斯拉為了向破壞和平的人報復而恢復永遠的生命。中條、福田、花村知道魔斯拉的謎而焦急。一般在太平洋航行的輪船突遭怪蟲的侵襲而沉没，全世界因而大表驚愕，其後在太平洋對怪蟲魔斯拉展開大攻擊，但無論如何新式武器，對魔斯拉都不發生效力。東京終於受到魔斯拉的侵襲，而呈出一片慘狀。尼爾遊知事不妙，便帶小每人潛回本國，怪蟲魔斯拉發揮威猛，推倒世界最高東京鐵塔，從口腔吐絲形成大繭隨後靜靜地休息，趁這機會用最新武器開始總攻擊，但瞬間大繭裂開出現巨蛾魔斯拉，隨即向太平洋彼岸飛去，世界首都化成死街，受著魔斯拉的破壞，最後得中條、福田、花村的努力，從尼爾遜取回小美人，讓魔斯拉帶回英芳島，於是世界又恢復和平。