本件記載自臺灣歸日本統治開始各地反抗之詳細紀錄。以及日方治理的逐一過程。包括一、總敘（統治臺灣之根本意義、日清戰爭、伊藤博文與李鴻章、臺灣島領有與樺山總督、人民綏撫之諭示、匪賊討伐與懷柔政策、軍隊憲兵警察之三段警備、匪徒刑罰令、島民之性情、對岸交通之取締、對匪徒之考察）。二、臺灣住民之性情（新領土統治與民族性理解、roddokuromuma鄉之喝破、領臺前之臺灣、臺灣住民種族及其人口、福建人、廣東人、自然環境及住民之性情、從宗教上來看島民、迷信之迫害）。三、軍政及民政初期時代（領臺當初的騷擾、膺懲的皇師入臺、北白川宮殿下御征討、皇軍三道挾擊、伏見、北白川兩宮之臺南御入城、北白川宮殿下之御高德、北白川宮殿下之御薨去、伏見宮殿下御凱旋、伏見宮殿下之御高德、各都市悉歸我手、南北僻陬的匪徒、東部臺灣之情勢、中南再度混亂、司法制度沿革、臨時法院條例公布、逮捕匪徒司法處分、全臺漸漸平定、匪徒招降策、兒玉總督諭告、後藤民政長官親入險地、恩威並行的實績）。四、北埔事件（暴動原因、警察官派出所及分遣所襲擊、北埔支廳之慘狀、軍隊及警察隊出動、臨時法院開設、對於民心之影響）。五、林圮埔事件（暴動原因、二首魁謀議、煽動愚民、頂林警察官派出所襲擊、匪徒檢舉、臨時法院開設、對於民心之影響）。六、土庫事件（暴動原因、陰謀策畫、發現陰謀及檢舉、處刑顛末、對於民心之影響）。七、苗栗事件（暴動原因、一首魁之手記、羅福星之陰謀、李阿齊之陰謀、陳阿榮之陰謀、張火爐之陰謀、賴來之陰謀、在東勢角的暴動、陰謀發現之端緒、匪徒檢舉、羅福星之手記、臨時法院開設、羅福星入監當時的感想、對於民心之影響）。八、六甲事件（暴動原因、首魁之陰謀、匪徒的騷擾、警察官的討伐、處刑顛末、對於民心之影響） 。九、西來庵事件（暴動原因、首魁余清芳之生平、首魁江定之生平、首魁羅俊之生平、余清芳與羅俊之結合、余清芳與江定之之結合、陰謀策畫、余清芳之諭告文、陰謀發現之端緒、著手檢舉、首魁羅俊逮捕顛末、羅俊的祈禱文、搜查行動開始、甲仙埔支廳襲擊、數駐在所襲擊、南庄派出所襲擊、虎頭山的戰鬥、軍隊及警察官之活動、暴動漸漸平定、民心的鎮靜、首魁余清芳逮捕顛末、余清芳之手記、余清芳入監當時的感想、羅俊入監當時的感想、新庄陰謀事件、臨時法院設、審理的實況、死刑執行及恩赦、殘匪搜查誘出、招降策進涉、誘出方法協定’、江定終於投降、歸順匪徒逮捕、江定入監當時的感想、殘匪處分顛末、對於民心之影響）。十、結敘（回顧二十有九年、匪徒的一面觀察、聖恩匪徒、現在入監匪徒之心情、現在布滿燦然文化之臺灣、地方自治制度創始與田總督之諭告、教育令改正與普遍共學、訴願法實行與民權伸張、民法商法兩大法典施行與法制的統一）等等，自發生起因至結束後如何懲罰以及制訂新法規皆有詳細記錄。