海關關旗以綠、黃兩色為底，中央印有海關關徽。黃色代表稽徵關稅具有希望、明朗、健康及和平的象徵；綠色代表査緝走私象徵和平、理想、青春活潑的安全感覺。 旗幟中央的關徽於民國66年1月1日啟用，共有5項圖示組合，中央的梅花則為國花；上方燈塔代表海關前程光明遠大；下方天平代表海關公平公正執行查緝、查驗任務；左方的財字同時代表海關隸屬財政部及海關稽徵關稅的主要業務；右方鑰匙同時代表海關關員開啟海關大門，主管貨物、旅客進出國境業務，及關員運用智慧，執行查緝、檢視，揭發私梟匿藏私貨之密窩等涵義。