遙念先民渡海來臺時，為求平安，從原鄉住所攜帶的香火或是神像，進而搭建簡單的草寮供奉以為安頓身心，我們稱為渡台期。當先民於荒地開拓闢野時，而生活漸漸安定，生活中欲求豐收、求人安，則建立守護神的小祠，祀神之種類亦見增加，此時期稱為農業期。這時的廟宇建築，也開始使用較堅固持久之材料。 開山殿為慈祐宮的第四進，主要建物為開山殿，在此殿的中庭裡，連接第三進的正殿後牆之處，近幾年來新設立半圓形水池，池中置以青斗石雕刻的蟠龍，而蟠龍吐水也是表示吉祥的意思。 此空間在日治時期原為住持的禪房，開山殿位於左側，幾經改建，現有格局為三開間的形式，僅擺放供桌和牌位。 在2010年重新再置入神龕，位於中間的神龕供奉著地藏王菩薩神像，左邊神龕供奉歷代祖師及住持祿位，右龕供奉大功德者祿位，以表對先人的尊敬與感恩。