原名為「新莊天后宮」，創建於清朝年間，年代有數種說法，依序為1686年（康熙二十五年）、1729年（雍正七年）、1731年（雍正九年），因1748年（乾隆十三年）新庄（莊）街發生大火宮廟慘遭祝融，故發起重修事宜，並建造鎮火池以避火厄，於1753年（乾隆十八年）落成，並改名為「慈祐宮」。 自1686年（康熙二十五年）草創至今共歷經十幾次重修，近代修護於1993年（民國八十二年），前埕得花崗石舖面與各殿的地坪改建工程，牆面還原灰白粉刷，鐘鼓木雕掛架設計等。 2004年（民國九十三年）規劃建設文教大樓，保留鎮火池，並進行景觀改造，於2010年（民國九十九年）完工啟用，地下一層地上七層約一千餘坪。廟址於今新莊區榮和里新莊路218號，新莊廟街，前殿面對大漢溪，近新莊捷運站2號出口。