新莊武聖廟後殿是2003年重建完成的建築。後殿的過水廊中有清同治年間「置產」及「重修」二個木質碑文，從木質碑文中我們能了解武聖廟的歷史沿革，在後殿的對看牆上還有蔡龍進彩繪匠師「祈求吉慶」的壁畫作品。整棟建築以木雕為主。太歲殿中所主祀的神明為玄天上帝，玄天上帝的信仰源自於原始星辰的信仰，為東青龍、西白虎、南朱雀、北玄武「四象」之一。民間有玄天上帝肚腸變龜蛇的傳說故事，最後祂成為人格神（玄天上帝），明永樂皇帝更加封祂為「北極鎮天真武玄天上帝」。太歲殿左右兩邊奉祀六十甲子太歲的金身，太歲是一種頗為特殊的民間信仰，與天體崇拜有著直接的關係。從西漢開始，人們就已經認為太歲每年所行經的方位，與動土興造、遷徙及嫁娶的禁忌息息相關，太歲的觀念與人們的生活密不可分。在後殿的左次間古神位，其內主祀的是「歷代聖賢之位」，左祀「重興武廟艋舺分縣加三級王諱承烈高陞祿位」，右祀「獻業施主張氏祖考妣神位」，傳達著人們尊崇聖賢及感恩之意。