新莊文昌祠的主神為文昌帝君，是主掌功名、保佑學子文運與考試的神祇。在中國有「北孔子、南文昌」之說，可見南方文昌帝君信仰之興盛。與一般文昌廟不同的是，新莊文昌祠還有瘟祖殿及祿馬殿。 新莊文昌祠是臺灣所有文昌廟中唯一祭拜瘟祖的寺廟，為該廟特色，相傳文昌帝君有七十二化身，瘟祖神是化身之一，瘟神保佑人畜興旺、五穀豐登，因此特別祭拜文昌帝君化身的瘟祖。農曆八月十二日是瘟祖神的誕辰，外形威武莊嚴令人敬畏，左手是鷹爪、右手拿著如意的瘟祖神，除了專管讀書人的利益，也掌管農事，認為人畜的病、莊稼的蟲害都是五個瘟神傳播的，有了瘟祖神，農民免除了瘟疫之苦，於是產生了文昌化瘟祖的神話，降服五瘟神，收瘟攝毒，驅瘟止疫，除去人間瘟疫，因此被尊稱為瘟祖神，瘟祖神能「收瘟攝毒、掃蕩污穢」，保祐人畜興旺，五穀豐收及風調雨順。 新莊文昌祠是臺灣首創祭祀瘟祖神的寺廟，在2003年SARS期間，為了掃除瘟疫，於是文昌祠增建了瘟祖殿，以祈求國人身體健康、國泰民安，在新莊廟會中也會恭請瘟祖神出巡遶境。