新莊文昌祠的建築極具傳統特色，其建築形式是標準傳統四合院式格局，依序有三川殿、拜殿及正殿，三川至拜殿間是內埕，而拜殿與正殿屋頂連結在一起，因此僅有兩進。廟門外則是前埕和山門。 三川殿為硬山單脊燕尾屋頂的三開間建築，其後則為兩側帶廊的內埕，廊的屋頂雖為捲棚式作法，惟匠師卻在側向（靠近丹墀面）加上了單檐燕尾頂，具有強化重要部位之效果。進入三川殿，過了兩側走廊與內埕之後則是廟宇主體所在的正殿，亦為硬山單脊燕尾屋頂。 新莊文昌祠東廂為兩層樓的文物館，一樓有月老殿、祿馬殿、財神殿、瘟祖殿，二樓為文物保存展示處。 文昌祠的大木作與承重牆並用的混合式構造，外觀色彩主要由屋頂的黃、檐口的藍綠及大門的紅構成，屋架則以紅黃為主色，青綠、藍白、金色為輔。建築本體主要以木作工藝裝飾，廟內石雕簡約，外型質樸，雕鏤不施鉛華，全祠石柱素淨，無詩文楹聯，藉此諭示士人古拙樸質之風格。