陸軍馬祖防衛指揮部為配合地方衛生單位協同合作，嚴格管制傳染病發生，並且確保防區軍民健康保持部隊戰力，1972年（民國61年）特訂頒「馬祖地區防疫作業實施規定」。據《馬祖日報》61年11月19日 報導指出，該規定重點內容包含： 「一、 現行法定之傳染病計有天花、霍亂、鼠疫、斑疹傷寒、傷寒及副傷寒、痢疾、白喉、流行性腦脊髓膜炎、猩紅熱、狂犬病、回歸熱、黃熱病。 二、 凡發現上述十二種傳染病之一者，均應依照現行『國軍醫防保健實施辦法』有關章節規定辦理，各級醫療單位，應切實與防區地方衛生機構，密切協調合作，以保持最新疫情報告。 據防衛部官員稱：若各單位發現上述各種法定傳染病之一者，應先行按規定，用電話或書面報防衛部處理，未經中央衛生單位發佈前，所有疫情一律不得對外發佈。而有關傳染病之收容醫療部分，防衛部官員說：三軍以地區相互支援為原則，收容醫院，南竿地區為八六一軍醫院，北高守備區為北高分院，莒光守備區為醫療站，各負責收療傳染病之醫院（站），應依照該院（站）實際狀況，籌設傳染病隔離病房，建立傳染病醫護人員值勤編組，以應緊急收容。」