為了貫徹金馬物資管制辦法，政委會頒布馬祖地區進出境物資檢查處理辦法，規定軍用補給品外的出入境物資，皆須經政委會經濟檢查組檢查，於出入境或隨身攜帶的物資，政委會有嚴格限制出入境物資種類、項目與數量條件，如入境可帶飲料6瓶、出境可帶蝦油12瓶等規定。出入境人員以1至3人為限，4人以上（含四人）者視為團體行動不得比照該規定辦理。團體入境者的攜帶物品數量應先經台北辦事處報請核定後，並發放物品出境證書證明。 根據《馬祖日報》50年8月6日報載，檢查辦法如下： （一）凡未經本會核准有案之進出境物資或隨身攜帶超出規定以外物品均由經濟檢查組扣留。 （二）前項扣留物資（品）當事人得於三日內檢具證明確證其無圖利之企圖申請發還或減輕。 （三）經濟檢查組對上項查扣之案件應詳細紀錄查獲經過及當事人姓名、年齡、籍貫、職業（級）住址、（註地番號）等呈報核備。 凡查獲違禁品類如毒品等應連同人犯一律解送軍法機關審理，而一般被扣物資應依下列辦法處理。 （一）初次違反者按照本地區該項物資（品）之售價處以50％罰鍰後發還之。（二）違反2次以上或企圖規避檢查而被查獲者按照本地區該項物資（品）之售價處以100％罰鍰後發還之。 （三）前項物資（品）依法應行納稅者發還時先予課稅。