一般認為疊層石是由附著於微生物所分泌黏液的岩屑或礦物顆粒，堆疊而成。依微生物生長型態及種類的變化，可形成粗粒–細粒互層，或碳酸鹽礦物–矽酸鹽礦物互層。疊層石可為層狀、圓錐狀、圓頂狀、圓柱狀或分枝狀等多種型態。澳洲西部的藍綠菌疊層石生成於37億年前，是地球最早的生命證據。現代疊層石主要生成於缺乏動物覓食的鹽湖或潟湖中，最著名者為澳洲西部的鯊魚灣疊層石。
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