海軍總司令部成立之初為1912年（民國元年）袁世凱繼任中華民國臨時大總統，北洋政府設海軍部，1928年（民國17年）國民政府成立海軍署，於隔年裁撤海軍署成立海軍處，1938年（民國27年）1月31日裁撤海軍部，改編為海軍總司令部。1945年（民國34年）9月，國民政府在軍政部之下增設海軍處，並於同年12月撤銷海軍總司令部，隔年4月海軍處擴編為海軍署，隸屬軍政部，1946年（民國35年）6月1日海軍署擴編為海軍總司令部，同年10月16日正式成立，隸屬國防部。2002年（民國91年）3月海軍總司令部改稱國防部海軍總司令部，2006（民國95年）年2月16日時在改稱為國防部海軍司令部。