川上瀧彌1871年1月24日出生於日本山形縣飽海郡松嶺町，1891年於札幌農學校預科入學，畢業後續讀農學校。1897年8月跟隨北海道氣象調查隊前往阿寒地區，發現毬藻分布新紀錄種；並在1900年4月撰寫〈利尻嶋ニ於ケル植物分布ノ状態〉一文獲得東京植物學會論文銀牌獎。1903年10月抵台，並前往台中任農事試驗場場長，過了兩個月即赴台北任總督府殖產局農商課技師，爾後主導「臺灣有用植物調查」，1905年臺灣植物開始進入總督府大量採集時代，並在同年的10月進行第一次新高山探險，隔年10月進行第二次新高山探險。殖產局博物館在1908年4月成立，川上瀧彌兼任殖產局博物館第一任館長。川上瀧彌在1910年3月編纂之《臺灣植物目錄（A List of Plants of Formosa）》，是第一本在日治時期臺灣總督府出版的全島植物目錄。1910年12月創立「臺灣博物學會」並擔任會長一職。1911年前往南洋出差旅行，視察經濟作物產業（1911.6~1912.4），將旅遊見聞出版為《椰子の葉蔭》。1915年8月20日，殖產局附屬紀念博物館，自舊館移至新址開館（即今臺灣博物館之址），川上當日病倒，送往臺北醫院，隔天即於台北醫院病逝，並在1915年10月歸葬北海道札幌。