民國50年左右，研究臺南學的文史工作者對於國姓爺的登陸位址產生歧異，一說於今顯宮里，另一說為土城，雙方為此引發熱烈筆戰，位於兩地之聖母廟亦因此衍伸出正統之爭，直至今日。黃典權亦曾為此研究議題發表過多篇文章，其研究傾向於土城派，資料內容為當時鹿耳門登陸考證爭議片段，包含康熙、乾隆至道光後之鹿耳門古地圖影本、鹿耳門媽祖宮寺廟登記證、臺灣大學教授楊雲萍發表之〈鄭成功登陸地點紀念碑文〉等。