此文物為2004年柯旗化回復名譽證書，由前總統陳水扁、前行政院長游錫堃頒發，係當時柯旗化已經離世，故由其遺孀柯蔡阿李代領收存，係因過去戒嚴時期導致生命獲自由被剝奪，故中華民國政府頒發此證給柯旗化以平反並回復因政治案件導致的名譽受損，共一張證書，放在從紅色絨毛證書夾中。柯蔡阿李在柯旗化患病期間，積極為丈夫奔走爭取轉型正義，於2000年柯旗化的兩次不法羈押皆獲得法院判決獲得國賠，但政府並未有正式的回應，於2004年在政治受難者補償基金會的協助下，獲得官方正式的名譽回復證書，為柯蔡阿李為柯旗化的轉型正義召一段落，但也為時已晚，柯旗化已於2002年過世，沒能親自出席。