1.行政訴訟狀，由台灣解嚴時期政治受難者關懷協會向中華民國政府提告之文件，訴訟之要求為基本人權訴訟權之司法平反判決，柯旗化晚年投入政治受難會擔任副會長，積極為當時冤獄受害者平反，柯旗化與部分受害者於1997年獲得冤獄賠償法賠償，但協會認為此舉僅為人道上的道歉，在司法上仍未有公平公正的判決，故提告之。2.柯蔡阿李在柯旗化患病期間，積極為丈夫奔走爭取轉型正義，於2000年柯旗化的兩次不法羈押皆獲得法院判決獲得國賠，但政府並未有正式的回應，於2004年在政治受難者補償基金會的協助下，獲得官方正式的名譽回復證書，為柯蔡阿李為柯旗化的轉型正義召一段落，但也為時已晚，柯旗化已於2002年過世，沒能親自出席。