1.警備總部台灣文化季刊第四期查禁公文，台灣文化季刊1986年創刊，為柯旗化出獄後積極創辦之刊物，推廣台灣本文化與意識並，發行至第四刊就遭警備總部以混淆視聽、挑撥政府人民感情為由查禁發行，第五刊則重新以創新版繼續出版，至第十刊時完全停刊，共一張。 2.出獄後的柯旗化不間斷的編撰教科書，直到1982年完成最後一本教科書後，便一心轉向投入宣揚台灣意識的文化事業，也積極投稿社論至報章雜誌上。1984年柯旗化在第一出版社下設立「台灣文化圖書服務部」編寫《台灣文化圖書目錄》，專門負責台灣文化圖書的銷售，但當時政府查緝嚴格，但柯旗化還是低調地持續進行。1986年，柯旗化近一步創立「台灣文化雜誌社」創辦《台灣文化》季刊，為被國民黨刻意壓抑的台灣文化以及台灣意識的政治訴求提供一個發聲的平台，內容包括台語研究、台灣文化、社論等等。不料1987年第四刊出版不久，便遭到警備總部以混淆視聽、挑撥政府人民感情的理由進行查禁要求停刊，柯旗化則改以革新版的方式堅持復刊，直至發行到第十刊才結束了季刊的發行。