柯旗化著《明哲詩集2：母親的悲願》，民國91年7月再版，由第一出版社出版。1990年3月柯旗化出版第二本詩集《母親的悲願》，筆名則改為本名，以華語詩作為主，另收錄英語、台語、日語等翻譯版本。書名則使用柯旗化親眼目睹288事件後所寫下的第一首詩作〈母親的悲願〉，此詩為紀念舊時就讀高雄中學同學余仁德，當時因仗義批評時政，慘遭國民黨軍隊槍決，全詩以余仁德母親的口吻寫下悲憤無奈的控訴。1986年柯旗化首度在紀念二二八受難者追思會上以台語朗讀〈母親的悲願〉，柯旗化將全詩修改成台語版，其押韻與朗誦的穿透力更勝過隔年在《笠》詩刊發表的華語版本，因此被公認為柯旗化詩作的經典代表。