1962年柯旗化第二次入獄後，台灣警備總司令對柯旗化之起訴書，時間為1962年5月31日，內容為被告身分、犯罪事實、證據及所犯法條之說明，起訴書上指出柯旗化之罪狀為籌組台灣共產黨並與台灣獨立份子聯繫，而從這份遲來的起訴書可以得知，警備總部當時對柯旗化先押後審行為是完全不符合正義的法律程序，這也使柯蔡阿李看清當時政府的不公荒謬之處，並開始為柯旗化陳情奔波。1951年柯旗化遭高雄中學時期的同學牽連，並被查獲擁有一本《唯物辯證法》而被捕，警總以「思想左傾」的罪名把柯旗化送到綠島新生訓導處接受感訓，刑期長達約三年的監禁控管。1961年10月第一出版社因為《新英文法》的熱銷事業正起頭得時候，柯旗化再度被牽連，被警察上門蒐證並逮捕，被警總為判先補的柯旗化從那天起便與家人隔絕，長達十多年的監禁，期間毫無頭緒先生為什麼被抓的蔡阿李在聽取法院判決後，驚覺指控原由十分荒唐，多次上書陳情給政府長官，卻在當時政情下毫無進展。