攻下臺南後一週，北白川宮能久親王因感染霍亂（一說瘧疾），於11月4日返抵東京後（由橫須賀上陸），隔日病死於自宅（根據日本官方公文與電報）。日本人後來將親王神格化，在「終焉之地」興建臺南神社，並將其「薨去」之日（10月28日）定為臺灣神社的例祭日。明治28年（1895年）11月5日，宮內省告示第十四號發表《近衛師團長能久親王殿下薨去ノ儀》，公布親王之死訊，能久親王遺體則運至豐島岡墓地於11月11日舉行國葬。臺灣日治時期50年間，能久親王被日本人神格化，臺灣神社（現地址為圓山大飯店）更以能久親王為主祀的神祇。而北白川宮能久親王的紀念史蹟，原先以臺灣神社、臺南神社、澳底征臺紀念碑為主。1930年代後，官方甚至在北白川宮能久親王在臺駐足之大小場所，俱興建紀念碑以為尊敬。北白川宮能久親王銅像在日本的北之丸公園。