第二期築港工程（1906-1912）重要建設為擴充港地，鑿除鱟公島、鱟母島，填築小基隆至二沙灣共66,000平方公尺、罾仔寮至牛稠港共64,350平方公尺新生地，修建西岸1-4號碼頭，築造仙洞防波堤，新建二沙灣避風港、三沙灣漁港，疏濬旭川運河、田寮港運河，建造第1-4號倉庫。此期工程完工全年運轉力達25萬噸，可同時容納3千至1萬噸級輪船12艘，築港經費620萬日圓。圖為1910年10月鱟公島鑿除工事中的現況。