高雄茄萣人。曾入選第六、八回臺展（1932、1934）與第一回府展（1938）東洋畫部，畫作簽名有「華堂」（應是字號）和「萬棟作」。薛萬棟自公學校畢業後，即在臺南火車站擔任「驛手」（工人）；由於從小便喜愛繪畫，因此工作後也會把握休假時間創作。1929年開始拜臺南畫家蔡媽達為師，前後共三年之久；1930年，蔡媽達以〈姉妹弄唵蝶〉一作榮獲臺展臺日賞，或許受到老師影響，薛萬棟首度入選臺展的作品〈姉妹〉（1932）亦是以臺灣女性為模特兒。1938年，薛萬棟的〈遊戲〉獲得第一回府展總督賞的佳績，在報紙上被稱為是「東洋畫部的異色」，審查員山口蓬春雖認為此畫筆法稚拙，但「搭配成一幅很好的畫面，是本年度的優秀作品之一」。有了府展給予的肯定，薛萬棟遂於1940年代完成大作嘗試參選日本官展（新文展），然而先是因尺寸不符規定未能出品，之後又碰上運送畫作的輪船遭盟軍擊沉，最終仍與新文展無緣。戰後，薛萬棟轉為向廣東來臺畫家賴敬程學習水墨畫，多次入選省展國畫部。1950年開始經營「萬棟畫室」，以繪製肖像畫為業，同時積極參與臺陽美展和膠彩畫展。1993年病逝，享年82歲。