滋賀人。曾以〈月眉潭風景〉一作入選第六回府展（1943）西洋畫部，畫作簽名為「正男」加上創作時間。據出版於2004年的個人速寫集《私のクロッキー（我的速寫）》所載，磯部正男出身自滋賀愛知的務農人家，從小便喜歡畫畫，但因父母及師長的勸阻而未能走上習畫之路，報考醫生落榜後選擇來到公費制的臺灣求學，於1939年進入臺南師範學校（今臺南大學）。在學期間因自由的環境而得以持續創作，每逢假日便前往孔廟寫生；1941年畢業後於嘉義的月眉潭國民學校（今月眉國小）擔任訓導，並拜陳澄波為師，多次一起外出寫生。1943年入伍前夕，在陳澄波的鼓勵下以50號畫布完成月眉潭當地的風景畫，順利入選當回府展。服役初期在安平的船舶運輸部隊「曉部隊」演練，之後則返回日本，進入四國的預備士官學校；畢業後曾前往沖繩、釜山、木浦、濟州島等地，雖然皆有寫生但為避嫌故作品都遭銷毀。戰後，磯部正男重返教職，持續進行創作並與好友共組「滋賀造形教育會」，關注於學童的設計教育。