西嶼東臺位於澎湖縣西嶼鄉內垵村。為清法戰爭後，鑑於海防之需要，於清光緒12年（1886年）由澎湖總兵吳宏洛所興建之四座海防砲臺之一。澎湖位處臺灣本島與中國間的航海交通要道，是當初中國移民渡海來臺的中繼站。就軍事地位而言，澎湖為臺灣防務的前哨，關乎中國東南海防之安全，長久以來一直被視為是海防重地。清領初期，清政府極重視澎湖防務，分防汛塘，配置戰船，按季汛防海面。並且在各據點設置砲臺。康熙時期，曾一度築砲臺二十五座，安砲四十五尊。西嶼內外塹亦設有砲臺兩座，配有老式前膛鑄鐵砲。後因防務鬆弛，逐漸荒廢。在清法戰爭之前，清光緒9年（1883年）澎湖通判李嘉棠奉李鴻章之命，曾於西嶼內外塹建造新式海岸防禦砲臺。但是砲臺建成之後，未購買安裝新式大砲，也未安砲配兵。故清法戰爭期間，法軍向砲臺發砲轟擊時，未見還擊。法軍即輕易攻佔西嶼、媽宮。清法和議之後，劉銘傳深感澎湖一島，不僅左右閩臺，也是南北洋的緊要關鍵，必須扼紮勁旅固守，以濟緩急。於光緒11年（1885年）派曾守吳淞海口關臺的提督吳宏洛前往勘察，並於光緒十三年（1887年）動工興建扼守澎湖的四座砲臺，西嶼東臺即是其中的一座砲臺。與西嶼西臺砲臺形成兩個箝制媽宮港外洋海面的據點。至光緒十五年（1889年）竣工裝砲上臺。整座砲臺計配備英國製阿姆斯脫郎後膛大砲七吋及八吋、十吋共三尊。清日甲午戰爭期間，日軍進攻澎湖，西嶼砲臺曾發揮部份威力，造成日軍不少傷亡。當媽宮城陷時，西嶼砲臺仍繼續轟擊日軍。戰爭中，砲臺彈藥庫為日軍所擊毀，守將劉中樑陣亡。日軍攻佔砲臺時，守軍陳連陞見大勢已去，不忍砲為日軍佔用，乃拆除各砲緊要零件，加以掩埋。日本時代，日軍仍繼續使用此砲臺，並增添部份施設。二戰後，西臺由國軍接管，除原有防務設施之外，另增建營舍數間。民國74年（1985年），西嶼西臺被內政部指定為臺閩地區一級古蹟（現為國定古蹟）後，國軍部隊自西臺撤離，而東臺遲至民國80年（1991年）11月23日經內政部指定為一級古蹟（現為國定古蹟）的同時，部隊仍未撤離。民國101年（2012年）7月由澎湖縣政府辦理完成土地撥用。