乾隆51年(1786)10月，林爽文起兵於中部，南路夥首莊大田率兩千之眾響應，後來兩度攻入興隆莊舊城(今左營舊城)，鳳山縣城陷落。乾隆53年(1788)正月福康安奉命平定南路，鑑於舊城殘破不堪，乃將縣城遷移至下埤頭街(今鳳山區)，是為鳳山新城。 鳳山新城初期僅環植刺竹，編棘為籬，頗為簡陋。嘉慶5年(1800)海盜蔡牽侵犯鹿耳門，官兵疲於奔命，汪降乘機在鳳山縣起事，後兵敗被捕。知縣吳兆麟鑑於民變威脅而強化防禦工事，乃於嘉慶9年(1804)督促兵、民，興建四方共六座的城門。嘉慶10年(1805)11月蔡牽的黨羽朱濆再度騷擾鳳山縣，土匪吳淮泗等賊眾響應攻城，吳兆麟被害，都司鍾璽力戰陣亡，下埤頭新城被賊眾屯踞八十餘日。幾次民變大大衝擊新城的合宜性，於是遷回舊城的意見浮上檯面，地方要員議論紛紛。道光4年(1824)10月間爆發許尚、楊良斌之亂，新城再度被亂民攻陷，至此，地方官員決議進行舊城的改築工程。道光5年(1825)知府方傳穟倡議以官民捐輸方式籌措修建舊城的經費，在方傳穟的努力下，舊城改築工程於道光5年(1825)7月15日動工，道光6年(1826)8月15日竣工。這是台灣第一座石造城池，然而鳳山知縣與紳民皆未遷回，依然滯留新城。 道光17年(1837)正月，曹謹奉命擔任鳳山縣知縣，隨之展開大規模的水圳興築工程，是為曹公圳。隔年(1838)，曹謹在六座城門上增建城樓，復於四隅築建礮臺六座，並外濬環城濠塹再注入曹公圳圳水而成為護城河，使得新城的防禦能力大大提昇。在曹謹積極的建設下，新城更為堅固，民生社會也更為穩定。因此，縱然道光23年(1843)間福建巡撫程祖洛明令速速遷回舊城，官民依然延宕不遷。為了釐清其中問題，閩浙總督劉韻珂派人實地調查兩城的概況，舊城沒落蕭條，而新城受到紳民所喜愛。道光27年(1847)劉韻珂會同福建巡撫徐繼畬向道光皇帝上奏，擬議鳳山縣城定於下埤頭街新城，最後獲得皇帝的應允，雙城之爭終告結束。可見，新城已經是當時鳳山縣無法替代的政經中心。自此之後，僅咸豐4年(1854)參將曾元福修建土牆，使新城更為完善。 日治初期鳳山新城仍是地方重鎮，不過位於西邊的打狗港日益受到重視，因此通往打狗地區的道路日益重要。明治36年(1903)，為了擴建鳳山街到苓雅寮道路而拆毀西門。明治40年(1907)間，南部鐵道系統從打狗向東延長至九曲堂，鳳山也設置停車場，隨之新道路的需求而局部拆毀北面的土牆和刺竹圍籬，總之，都市發展趨勢日益衝擊既有的縣城樣貌。昭和3年(1928)，地方政府以改善公共衛生為由，將清領時期縣城既有土牆和兩萬多株的刺竹加以剷除，並進行今日中山路和光遠路的取直工程。至此，清領時期鳳山新城僅餘留部分殘跡，包括：東便門(三民路底)、平成砲台(曹公路旁)、訓風砲台(中山路旁)、澄瀾砲台(立志街旁)等。而東便門門外的東福橋因民國90年(2001)潭美颱風來襲倒塌，目前二座橋墩已移至岸上保存。