古籍《易經》有謂「城復于隍」之說，「城」指城池，「隍」為繞城無水之河溝。城隍原為城池守護神，後來演變為地方守護神。明初始於縣稱「顯佑伯」，凡守土官入境，必先祭城隍而後履任。及至清代，朝廷尤尊崇城隍。目前澎湖有文澳及媽宮二座城隍廟，在台灣地區來說是很特殊的。媽宮城隍廟為閤澎公廟，尤以每年農曆7月普渡時需由城隍廟開始，其餘各地接續著舉行，所以有俗諺云：「城隍廟放，觀音亭收」之說。 乾隆44（1779）年，澎湖海防糧捕通判謝維祺因位於廳署旁的文澳城隍廟規模狹隘，非敬神之道，乃率監生郭志達新建城隍廟於媽宮今址，有碑記尚存。 此後乾隆55（1790）年通判蔣曾年、嘉慶3（1798）年通判韓蜚聲、嘉慶22（1817）年通判潘覲光、道光4（1824）年通判蔣鏞及道光24（1844）年左營遊擊蘇斐然等均曾修建。 光緒11（1885）年清法戰爭波及澎湖。2月法軍犯澎，城隍廟傳出神明顯靈庇佑澎湖人民、兵勇之神蹟，事後城隍廟與天后宮獲皇帝賜匾尊崇，更加封城隍為「靈應侯」，格同府城城隍。光緒12（1886）年通判程邦基率民重建，今存有碑記記錄此事。 光緒15（1889）年清廷將澎湖廳署移至媽宮城（今馬公市），媽宮城隍廟轉成為正式的官衙所在的城隍廟。城隍廟立址於媽宮總鎮署東畔塵肆之中，香火鼎盛，除了做為官方祭祀廟宇之外，亦收教化民心之功效。 日治時期以昭和8（1933）年之改建規模最大，不僅抬高屋架堂皇廟構，內外雕繪亦頗可觀。 民國71（1982）年因神殿年久失修，損壞嚴重，有翻修正殿屋頂及重做彩繪油漆等。民國88（1999）年再次修護，工程完竣即今日所見廟貌。